أثار المشروع عددا من التساؤلات دفعت بعض المراقبين للتحذير منه باعتبار أنه يرتبط بتشجيع هجرة الفلسطينيين طوعا من القطاع إلى قبرص ثم إلى دول اللجوء. كما اعتبروا الميناء إلغاء لأي دور مستقبلي لمعبر رفح البري على الحدود مع مصر والتي أعلنت إسرائيل مرارا عن اعتقادها بوجود أنفاق تحت الحدود بين غزة ومصر تستخدمها "حماس" لإدخال الأسلحة إلى القطاع.