ارتبط اسم الإقليم سابقا بحرب ترانسنيستريا وهو نزاع مسلح بين انفصاليي الإقليم وحكومة مولدوفا.
وقع النزاع بعد إعلان استقلال مولدوفا عن الاتحاد السوفياتي عام 1991، في حينها بدأت بوادر تشكيل حكومة ليبرالية قومية في مولدوفا، وهذا ما لم يرغب فيه سكان إقليم ترانسنيستريا، معظمهم من الروس والأوكران الذين طالبوا بحكومة شيوعية تبقيهم تحت عباءة النفوذ الروسي.
انتهى الصراع بوساطة من منظمة الأمن والتعاون في أوروبا وليتوانيا، حيث تم الاتفاق بين الطرفين على استقلال إقليم ترانسنيستريا من دون اعتراف أي دولة بها.
منذ ذلك الوقت، يتمتع الإقليم بالحكم الذاتي عن حكومة مولدوفا بدعم من موسكو، التي تنشر أكثر من ألف جندي روسي متمركزين هناك.
